Desde el reinado de Tiberio (14-37 d. C.) Clunia debe contar con estatuto de municipio romano pues, en ese mismo momento, acuña monedas, ases y semiases con su efigie y los nombres de los magistrados de la ciudad. Por Plinio sabemos que es capital de convento jurídico a mediados del s. I d. C., pasando a ser el centro jurídico y religioso de un amplio territorio con el que se comunica por medio de importantes vías que pasan por la ciudad o próximas a ella. En el siglo II d.C., aparece por primera vez, como Colonia Clunia Sulpicia.
En el s. I d. C., se convierte en capital del convento jurídico. El nuevo estatus territorial de la ciudad va acompañado de una serie de intervenciones arquitectónicas, enfocadas a sus nuevas funciones. Por un lado, aparecen nuevos edificios de carácter público (teatro, dos termas); por otro, se modifican los ya existentes ante la variedad de orientaciones urbanísticas que presenta Clunia. Lo que no deja de ser curioso para una ciudad de nueva planta.
En el año 222, la ciudad mantiene la capitalidad del convento, a pesar de su degradada situación urbana, y logra subsistir a lo largo de los siglos III-IV y V. Los testimonios arqueológicos documentan la continuidad de la ciudad hasta fines del s. VII, pero su importancia en la época visigoda decae, como parecen demostrar la desaparición de las fuentes literarias, la carencia de ceca y la instauración de una sede episcopal en la vecina Uxama (Burgo de Osma).
Clunia subterránea es un conjunto cárstico formado por galerías y lagunas subterráneas que alimentaban los manantiales que afloraban en las laderas del cerro, y que pudo ser explotado desde la ciudad mediante la realización de pozos. Este recurso natural, es una verdadera infraestructura urbana y en su interior se aprecian los trabajos realizados para su aprovechamiento, como los canales de interconexión de lagunas, así como las inscripciones que atestiguan la presencia de distintos personajes en el interior y la condición social de los mismos.
Como en cualquier obra de ingeniería, los magistrados de la ciudad supervisaban las acciones de mantenimiento necesarias para el abastecimiento de agua y dejaron constancia en su interior (IIII VIRI VENERUN) de los trabajos realizados. La ciudad obtenía el agua del subsuelo mediante pozos.
En una pequeña cavidad de la cueva subterránea se encuentra un conjunto de figuras itifálicas, que suelen asumirse a Príapo, y máscaras, en barro fresco de las mismas galerías, algunas de ellas con inscripciones realizadas con los dedos o algún objeto punzante. Inicialmente se consideró este espacio como un santuario o lugar con un cierto carácter mágico o sagrado.
El vínculo de unión entre este mundo subterráneo y el exterior está representado por los numerosos pozos con los que se fue horadando el suelo de la ciudad.
