Tras el regreso de Juan Sebastián Elcano, se organiza una nueva expedición al Pacífico, liderada por el capitán general García Jofre de Loaísa. En ese viaje los acompaña un muchacho, Andrés de Urdaneta. Zarpa de La Coruña el 24 de julio de 1525 una flota de siete naves y 450 hombres. Sólo la nave capitana, Santa María de la Victoria, llegará al destino en Filipinas.
Había una forma de evitar la complicada navegación por el estrecho de Magallanes y consistía en partir desde Nueva España. Y de esta forma organiza la nueva expedición Álvaro de Saavedra Cerón con dos naos y un bergantín que zarpan el 31 de octubre de 1527. Tocan en Mindanao y siguen a las Molucas, donde encuentran a los españoles supervivientes de la expedición de Loaísa, ahora al mando de Hernando de la Torre, tras la muerte de los superiores, entre ellos se encuentra Andrés de Urdaneta. En el regreso pierde la vida Saavedra, pero las observaciones geográficas, etnográficas y meteorológicas son muy útiles para navegaciones posteriores, sobre todo la experiencia y conocimiento que consigue Andrés de Urdaneta.
En 1560 se encomienda a Miguel Legazpi el descubrimiento del tonaviaje desde Filipinas. Zarpan desde isla Navidad y les acompaña un fraile agustino muy experimentado, Andrés de Urdaneta. La expedición está compuesta por dos naos, dos pataches y una fragatilla. Llegan a la isla de Samar y luego pasaron a Cebú, donde fundó el primer aposento fortificado en Filipinas: Villa de San Miguel. Desde allí continuarían la conquista de las islas.
Uno de los pataches, el San Lucas, capitaneado por Alonso de Arellano se separa de la flota y no se vuelven a encontrar. Realiza un viaje impecable hasta Samar y el tornaviaje lo hace subiendo hasta Japón y tarda dos meses menos. Se piensa que el tornaviaje se debe a información de Urdaneta; sin embargo, no vale de mucho pues no toman datos náuticos.
Legazpi, cumpliendo con la encomienda de desvelar la derrota de vuelta, envía a la nao San Pedro con su nieto Felipe Salcedo, de apenas dieciocho años, con el nombramiento de capitán. Lo acompaña como piloto el fraile Andrés de Urdaneta, quien se encarga de las instrucciones náuticas y de la toma de datos. Zarpa el 1 de junio de 1565. Tras tres meses largos de anotaciones y observaciones minuciosas, arriban a Nueva España, bajando desde California. Urdaneta ofrece una vía segura para el tornaviaje al descubrir la circulación de los vientos en el anticiclón del Pacífico, lo que posibilita la toma de posesión y posterior desarrollo de la colonia filipina.